鹽田綜合保稅區由原來的沙頭角保稅區、鹽田港保稅物流園區、鹽田港保稅區的基礎上整合而成。本次海關電子卡口通道建設為 38 條通道的全新建設，其中鹽田港保稅物流園北區貨物進出通道 10 條，行政通道 2 條；鹽田港保稅物流園南區貨物進出通道 6 條，行政通道 2 條；鹽田港保稅物流園查驗進出通道 2 條；沙頭角保稅區貨物進出通道 4 條，行政通道 2 條，同時還包括多條虛擬卡口的建設。